Przedostanie  się  do  organizmu  jakiegokolwiek  drobnoustroju  powoduje  wysłanie  do  układu

immunologicznego sygnału chemicznego. Do miejsca zakażenia podążają wówczas różne rodzaje białych

krwinek,  aby  zatrzymać  rozprzestrzenianie się  zakażenia  do  innych  okolic  ciała.  Drobnoustroje,  którym

udaje się zmylić pierwszą linię obrony, napotykają bardziej złożoną i silniejszą barierę obronną. Do akcji

wkraczają  limfocyty  B,  które  rozpoznają  określone  drobnoustroje.  Obecność  tych  drobnoustrojów

powoduje szybkie namnożenie komórek pamięci, które mają zdolność przemiany w komórki plazmatyczne,

niszczące  drobnoustroje  dokonujące  inwazji.  Po  przebytym  zakażeniu  w  organizmie  pozostają  komórki

pamięci,  które  są  przygotowane  do  działania,  jeśli  ponownie  pojawi  się  w  organizmie  ten  sam  rodzaj

chorobotwórczego  drobnoustroju.  Inna  linia  obrony  to  działanie  limfocytów  T,  które  niszczą  zarówno

wnikające czynniki zakaźne i komórki nowotworowe.

Czasami  jednak mechanizmy  te  działają  zbyt  intensywnie  i  to  w stosunku  do substancji  nieszkodliwych

takich jak: pyłki kwiatowe, niektóre pokarmy lub leki, co wywołuje wystąpienie tzw. reakcji alergicznej.

Układ  immunologiczny  może  także  atakować  własną,  prawidłową  tkankę,  jakby  to  była  tkanka  obca.

Prowadzi to do rozwoju choroby autoimmunologicznej np. toczeń lub reumatoidalne zapalenie stawów.